Skolen blev grundlagt den 17. november, 1858 af Sankt Joseph Søstrene, der styrede skolen indtil marts 1976. Skolen startede som en pigeskole og forblev sådan indtil 1968, hvor drenge også blev optaget. Skolens hovedbygning blev bygget i 1914 – 15 og i 1928 byggede man en tilbygning, der inkluderede et fysik- og biologilaboratorium. Bygningen blev designet af Christian Mandrup-Poulsen, der også designede søstrenes kloster og Jeanne d’Arc skolen. Skolen har sin egen kirke, hvor der afholdes katolske og økumeniske begivenheder. Derudover har Sankt Joseph et auditorium, hvor årlige skoleforestillinger og den daglige morgensang finder sted.

 

De katolsk-humanistiske værdier, der inspirerede søstrene til at grundlægge skolen for mere end 150 år siden, lever dog videre i dag i de daglige aktiviteter og i det overordnede uddannelses- og dannelsesprojekt.

 I 1945 blev Sankt Josephs søsterskole, Jeanne d’Arc skolen, fejlagtigt bombet af allierede styrker. Efter tragedien tog Institut Sankt Joseph imod mange af de elever, der tidligere gik på den nu udbombede skole. Derfor blev det nødvendigt at bygge en tilbygning samt en ny gymnastiksal i 1950. I 1972 blev statuen af Jeanne d’Arc, som lå i ruinerne af skolen på Frederiksberg, flyttet til Sankt Joseph skolens skolegård. Der er den forblevet som et minde om vores solidaritet med den tidligere skole. Institut Sankt Josephs SFO, den første af slagsen i København, blev startet i 1981. Derudover byggede man en ny gymnastiksal i 1982

Skolen er kommet langt siden den oprindelige grundlæggelse som en fransk inspireret pigeskole. I dag er skolen rodfæstet i danske værdier om solidaritet og har et lige antal af drenge og piger med diverse socioøkonomiske baggrunde. De katolsk-humanistiske værdier, der inspirerede søstrene til at grundlægge skolen for mere end 150 år siden, lever dog videre i dag i de daglige aktiviteter og i det overordnede uddannelses- og dannelsesprojekt.