Alle fag på ISJ (med undtagelse af religion) følger undervisningsministeriets “Fælles Forenklede Mål”.
De 21 katolske skoler i Danmark har i fællesskab udarbejdet eget fagformål og slutmål for religionsundervisningen. Bestyrelsen ved Institut Sankt Joseph har besluttet at dette fagformål og slutmål skal rammesætte religionsundervisningen på skolen.
Alle lærere udarbejder egne årsplaner for de enkelte fag og klasser. Årsplanerne kan læses på Intra.
