Skolen begyndte som fransk pigeskole og forblev sådan indtil 1968, hvor drenge også begyndte at blive optaget. Skolens hovedbygning blev bygget i 1914 -15 og i 1928 blev der opført en tilbygning med bl.a. faglokaler til fysik og biologi. Bygningen er tegnet af arkitekt Christian Mandrup-Poulsen, der også står bag Sankt Joseph Søstrenes kloster på Strandvejen og Jeanne d’Arc skolen på Frederiksberg.
Det katolsk-humanistiske dannelsesideal, som inspirerede søstrene til at grundlægge skolen for mere end 150 år siden, lever således videre i bedste velgående.
Den 21. marts 1945 blev ISJ´s søsterskole, Jeanne d’Arc skolen på Frederiksberg Allé, fejlagtigt bombet af allierede styrker. Efter tragedien tog ISJ imod mange af de overlevende elever. Det blev derfor nødvendigt at bygge en tilbygning samt en ny gymnastiksal. Begge bygninger stod færdige i 1950. I 1972 blev statuen af Jeanne d’Arc, som lå i ruinerne af skolen på Frederiksberg, flyttet til Institut Sankt Josephs skolegård. Her er den forblevet som et minde om vores solidaritet med den tidligere skole, som grundet manglede økonomiske midler aldrig blev genopført.
I 1972 åbnede Institut Sankt Josephs SFO Liljen, som for øvrigt var en af de første SFO´er i København, og i 1982 fik skolen en helt ny idrætshal.
Institut Sankt Joseph er kommet langt siden grundlæggelsen som en fransk inspireret pigeskole.
I dag er skolen godt rodfæstet i dansk skoletradition og har en bredt sammensat medarbejder- og elevgruppe.
Den 1/1 2016 overtog skolen bygningerne fra Sankt Joseph søstrene.
På skolen er vi særdeles opmærksomme på den fantastiske arv vi forvalter fra Sankt Joseph Søstrene. Vi ønsker således både at være en moderne skole – hvad angår fx. pædagogik, undervisningsmaterialer og IT – og at fastholde og videreføre søstrenes vision for skolen.
Det katolsk-humanistiske dannelsesideal, som inspirerede Sankt Joseph søstrene til at grundlægge skolen for mere end 150 år siden, lever således videre i bedste velgående.
Foto øverst på siden: Elever og søstre fotograferet foran skolen hylder Christian X i forbindelse med med hans 25 års regeringsjubilæum d. 15.5.1937. Billedet findes på Det Kongelige Bibliotek.